嬴政的亲生父亲很可能是吕不韦，这一点在历史上是一个很著名的猜测，不过并没有直接证据证明这一点，而且嬴政很可能也不知道这一点，不然他也不会对吕不韦痛下杀手。
在中国古代皇帝中，秦始皇虽然有着“千古一帝”的光辉。不过，如果根据司马光在《资治通鉴》里的说法，嬴政的出身并非秦国王族，更偏向于是吕不韦的儿子。而且，嬴政及其父亲子楚能够登上秦国国君的宝座，吕不韦可谓是立下了汗马功劳。
公元前237年，吕不韦的丞相职务被秦王嬴政免去。公元前235年，秦王嬴政再次命令吕不韦全家都搬迁到蜀地居住。但是，吕不韦害怕嬴政的进一步追杀，据说在看到嬴政的信后，决定服毒自杀。那么，嬴政为什么要逼死自己的亲爹吕不韦呢?
首先，吕不韦玷污了赵太后乃至自己的名声。在秦始皇还没有出生的时候，吕不韦将赵姬献给了子楚。在嬴政出生后，各大诸侯国就在传闻吕不韦是嬴政的亲生父亲。在嬴政即位后，母亲赵太后依然和吕不韦私通。后来，吕不韦担心东窗事发，干脆找嫪毐来代替自己去侍奉赵太后。这嫪毐不仅和赵太后存在奸情，甚至生下了两个儿子，这无疑威胁到嬴政的王权。
为此，在镇压了嫪毐势力后，秦王嬴政一并将怒气甩向了赵太后和吕不韦身上。不过，考虑到吕不韦的功劳和求情的人太多，嬴政只是暂时放吕不韦一马。但是，等到事件平息一段时间后，尤其吕不韦的势力逐渐衰弱后，嬴政还是要决定要除掉吕不韦，维护太后和自己的名声。
其次，吕不韦的权势已经危害到秦王嬴政的君权。在吕不韦当政的时候，门客三千不乏精英人才，不仅如此，吕不韦还大肆炒作宣扬自己的《吕氏春秋》。在军事上，吕不韦在位积极打击三晋，通过建立东郡来南北分割六国，打破了六国抗秦统一联盟。更为关键的是，辅佐两代君主的吕不韦，早已在政治势力上形成一个庞大的集团。而这个政治集团，让多疑的秦王嬴政更加猜忌了。
再者，推崇法家思想的嬴政，实行的就是商鞅变法时期确立的霸王之道。但是，在吕不韦担任相国职位期间，有意无意的在损伤君主一言堂的权威。比如秦国在商鞅变法后，主张杀敌来升官。不过在吕不韦掌权后，却在宣传“以义兵诛暴君”，造成秦军军队的杀戮相对减少。再加上吕不韦在《吕氏春秋》中推崇儒家的以德为本，以及王道仁政。由此，政治主张上的不同，促使秦始皇和吕不韦分道扬镳。
最后，秦始皇如果不逼死吕不韦的话，很可能诞生新的“吕大债主，也即妄图来投资国家政权，乃至借钱给列国打仗来获取暴利，如同欧洲的罗斯柴尔德家族。秦始皇清理吕不韦的根本目的，显然是为了宣示这样一个基本政治原则：债主不能爬在国家头上敲诈勒索，即使资本家吕不韦是自己的亲爹，他也不能压在国家的头上，把国家作为自己投资发财、“大己之门”的工具。简而言之，正是通过解决吕不韦集团的问题，秦始皇塑造了中国古代封建君主中央集权的基本政治制度。
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