朱棣从侄儿手中夺得了皇位，当了皇帝，史称明成祖。明成祖当年兴兵造反的时候，很多官员都反抗过他。等他当了皇帝后，就开始了血腥的报复行动。
朱棣起兵的时候，翰林学士方孝孺帮助建文帝起草了讨伐他的檄文，言辞激烈，明成祖读了之后大怒，决心要杀了方孝孺。他最信任的谋士姚广孝劝他说“：方孝孺一定不会投降，但请您不要杀他，他如果死了的话，读书人的种子就断绝了。”所以明成祖打进京城后并没有伤害方孝孺，相反，他还想让方孝孺帮自己起草安定天下的诏书。
谁知道方孝孺被带上大殿后，一直哭个不停。明成祖对他说“：先生不要折磨自己了，我只是想效仿当年周公辅佐成王的事迹罢了。”方孝孺停止了哭泣，抬起头问道“：谁是成王？成王在哪里？”明成祖说：“建文帝已经自焚死了。”方孝孺问：“为什么不立成王的儿子？”
明成祖有点不耐烦了，说：“国家需要年长的君主。”方孝孺冷笑一声道“：那为什么不立成王的弟弟呢？”明成祖没好气地说“：这是我的家事，关你什么事？”然后让手下人给方孝孺纸笔，命令道：“我要诏告天下，这诏书非你写不可！”方孝孺大怒，把笔往地上一扔，说：“你要杀我可以，但这诏书我就是不能写！”明成祖也忍不住了，下令把方孝孺处死。方孝孺慷慨赴死，年仅46岁。明成祖诛灭方孝孺十族，将方孝孺的所有亲戚、朋友、弟子、门生全部抓了起来，处死了其中大部分人。方孝孺的妻子和两个儿子都上吊死了，两个女儿投河自尽。方孝孺一案一共杀了873人，方家的人几乎被全部杀绝了。
朱棣杀了方孝孺后，心里的气还没有消，他想到当初还有很多人反对过他，于是让手下列了个名单出来，下令把建文帝所有臣子都抓起来。这个名单上排名第一第二的显然就是齐泰和黄子澄了。当时两人都不在京城，齐泰被派到外地办事，在回来的路上听说京城已经落在了明成祖的手中。他就乔装打扮，准备跑到其他地方组织军队反攻。可他并没有能逃脱明成祖的魔掌，他和他全家都被处死，只留下个6岁的儿子。黄子澄也被抓了起来，明成祖亲自审问，将他杀了。黄家族人不分男女老少全部被杀，也只留下个小儿子。
兵部尚书铁铉当年镇守济南的时候让朱棣吃了不少苦头，还差点让他在济南城下丧了命。明成祖对铁铉恨之入骨，下令把铁铉带来，亲自审问。铁铉到了皇宫后站在阶石上背对明成祖，面向苍天，说什么也不把头转过去，还骂不绝口。
明成祖气得发疯，灭了铁铉的族，明成祖还把铁铉的妻子和两个女儿留下来不杀，把她们送到妓院去，让数十个大汉日夜蹂躏她们。还下令说如果她们生了小孩，男的为奴，女的为娼。这种卑鄙下流的做法居然让一个皇帝做了出来，可见明成祖的残暴已经达到变态的程度了。
户部侍郎卓敬曾经向建文帝建议将明成祖调往南昌，他被捕后，明成祖责问他为什么要挑拨他们叔侄关系。卓敬回答：“如果先帝当初听了我的话，你还能像现在这样？”明成祖气得说不出话来，下令将其斩首，并灭其五族。礼部尚书陈迪本来在外地负责督运军粮，听到南京被攻陷的消息后就赶了回去。
明成祖登基那天，他跑到朝堂上大骂明成祖，结果他的几个儿子都被残杀，还把他儿子的鼻子舌头割下来给他吃。陈迪放声大骂，被凌迟处死。左都御史景清被活剥了皮。大理寺卿胡闰穿着孝服哭着去见明成祖，明成祖要他换下衣服，他死都不肯，被人用铁瓜把他牙齿全部打落，活活勒死了。这还不算，又用石灰水将他尸体浸泡透，剥下皮挂在武功坊示众。
明成祖残忍得连自己的亲戚都不放过。他亲妹妹的丈夫、驸马梅殷当年受朱元璋的遗命，全力辅佐建文帝。明成祖起兵后，梅殷负责镇守淮安。一次，明成祖借进香为名想借道淮安，派了一个使者去劝说梅殷投降。结果梅殷把那个人的耳朵鼻子割了下来，放他回去，并说：“我留下你的舌头是让你回去跟燕王讲君臣之礼！”明成祖即位后，梅殷仍然坚守淮安，明成祖只好让公主给梅殷写信，让他回来。公主无奈之下只好写信，明成祖看了信后大怒，说：“谁让你这样写的？给我用你的血写！”公主被迫咬破手指，给梅殷写了封血书。
梅殷接到血书后方寸大乱，只好赶回南京。明成祖假惺惺地对他说“：驸马辛苦了。”梅殷回答道：“劳而无功。”明成祖听了之后心里很不是滋味。一天早上，梅殷上朝，走到半路的时候，被明成祖派来的刺客推到河里淹死了。
明成祖又下令将刺客处死，那些刺客气得大骂明成祖背信弃义，但也没有办法。公主听说驸马淹死的消息后，马上跑到皇宫去质问明成祖。明成祖一看到公主来了，心里毕竟愧疚，转身就走，公主拉着他的衣服大叫“：驸马在哪儿？驸马在哪儿？”明成祖很尴尬地说：“我已经把凶手处死了，你就不要再多事了。”
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明成祖登基后为了铲除异己一共杀了3000多人，从此以后，明朝的臣子们胆子都吓小了，再也没有出现过那么多忠心报国的人。这一点，是明成祖想不到的
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